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Ninjutsu é qualquer técnica que use manipulação de Chakra para ser realizada, e é a mais tradicional das artes ninja. Geralmente precisam de selos manuais (que moldam o Chakra em formas específicas) e muita concentração para funcionarem com eficiência. Quanto maior for a experiência do Shinobi (Ninja), mais rápida é a velocidade da técnica, e às vezes o uso de selos se torna desnecessário.

Alguns ninjutsus podem ser classificados como jutsus elementais, quando usam um elemento específico:

- Doton (Terra); Ex. Doryuuheki
- Suiton (Água); Ex. Suijinheki
- Katon (Fogo); Ex. Goukakyuu no Jutsu
- Fuuton (Vento); Ex. Rasenshuriken
- Raiton (Eletricidade); Ex. Gian
Além desses, existem ninjutsus que só podem ser utilizados através de Kekkei Genkai:
- Mokuton (Madeira); Ex. Moku Bunshin no Jutsu
- Hyouton (Gelo); Ex. Haryuu Muuko